Η αρχαιότερη θέση του νησιού αλλά και των Κυκλάδων μέχρι σήμερα θεωρείται η θέση Μαρουλάς, που βρίσκεται βορειοανατολικά του νησιού σε μικρή απόσταση από τον όρμο των Λουτρών (δίπλα ακριβώς από τον όρμο Σκινάρι). Η θέση αυτή χρονολογείται στη Μεσολιθική περίοδο (9.000 – 8.000 π.Χ.)
Συγκεκριμένα ο αρχαιολόγος Α. Σαμψών το 1995 επιβεβαίωσε τις αρχικές προβλέψεις του K. Honea, που από το 1975 είχε εντοπίσει υπαίθρια θέση οικισμού Μεσολιθικής εποχής στον όρμο Μαρουλά Κύθνου και μεταξύ άλλων είχε αναφέρει ανθρώπινες ταφές και λίθινα εργαλεία. Έτσι τον Σεπτέμβριο του 1995 οι αρχαιολόγοι με επικεφαλής τον Α. Σαμψών εντόπισαν οικισμό και νεκροταφείο στην ίδια πάντα θέση.
Αναλυτικότερα η αρχαιολογική έρευνα έφερε στο φως λείψανα οικισμού (;) (πέτρες τοποθετημένες στο έδαφος), πέντε λαξευτούς στο βράχο τάφους, πέντε ανθρώπινους σκελετούς, εργαλεία από οψιανό, οστά ψαριών κλπ.
Σημαντικές είναι επίσης οι πληροφορίες για την Εποχή του Χαλκού (3.000 – 1.000 π.Χ.). Η Κύθνος στα χρόνια αυτά αναδεικνύεται σε σημαντικό κέντρο εξόρυξης και κατεργασίας χαλκού. Πιο συγκεκριμένα οι αρχαιολόγοι Ο. Χατζηαναστασίου και Μακ Γκίλιβρι το 1986 ανακάλυψαν: Το ορυχείο εξόρυξης χαλκού στη χερσόνησο Τζούλη (ακρωτήριο Τζούλης), το κέντρο κατεργασίας χαλκού στην περιοχή Σκουριές 2 χλμ ανατολικά από την Τζούλη και το λιμάνι (όρμος Αγίου Ιωάννη Θεολόγου κοντά στην Τζούλη) απ’ όπου διακινούσαν τον χαλκό και πιο συγκεκριμένα τον οικισμό «Ελληνικά», που βρίσκεται στο μέσο περίπου του ιδίου όρμου. Και οι τρεις αυτές θέσεις σχετίζονται όπως προανέφερα με την εξόρυξη, κατεργασία και διακίνηση χαλκού στην πρώιμη εποχή της Χαλκοκρατίας.
Μικρός οικισμός της Μέσης και Ύστερης Εποχής του Χαλκού (1.600 -1.100 π.Χ.) εντοπίστηκε στη Β.Α. πλευρά του νησιού σε χαμηλό κωνικό λόφο μεταξύ του όρμου της Αγίας Ειρήνης και της θέσης Αρκούδι.
Επίσης κτίριο των μυκηναϊκών χρόνων ανακαλύφθηκε νοτιοανατολικά από τη θέση Σκουριές, στο λόφο Γερόνυμο. Τέλος στην ύστερη φάση της Προϊστορικής Αρχαιότητας το σπήλαιο της Δρυοπίδας υπήρξε σύμφωνα με τον Κύθνιο λόγιο Βάλληνδα, ορυχείο των αρχέγονων κατοίκων του νησιού των Δρυόπων.
Στα τέλη των γεωμετρικών χρόνων (10ος – 9ος π.Χ. αι.), φαίνεται ότι ιδρύθηκε η ομώνυμη πόλη Κύθνος, που στη συνέχεια πήρε πολλά ονόματα όπως: Ρηγόκαστρο, Εβραιόκαστρο, Βρυόκαστρο κλπ. Ήταν χτισμένη στο ΒΔ μέρος του νησιού ανάμεσα στους όρμους της Επισκοπής και της Απόκρουσης.
Πρόσφατα έγιναν ανασκαφές στον χώρο του αρχαίου νεκροταφείου. Στην περιοχή αυτή βρέθηκαν στην επιφάνεια 5 ενεπίγραφες ταφικές στήλες του 7ου π.Χ αιώνα, η παλαιότερη σε δωρική διάλεκτο. Αυτή είναι η πρώτη επιγραφή αρχαϊκών χρόνων που έρχεται στο φως στο νησί.
Τα περισσότερα αρχαιολογικά ευρήματα της αρχαίας πόλης φυλάσσονται σήμερα στο Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο και στη μικρή υπαίθρια συλλογή του Καθολικού στη Χώρα.
Με βάση τα επιφανειακά ευρήματα, η εγκατάλειψη της πόλης τοποθετείται στον 7ο μ.Χ. αι., όταν οι κάτοικοι μετακινήθηκαν στη βόρεια απόκρημνη ακτή, στον οχυρωμένο οικισμό του Κάστρου της Ωργιάς. Το Κάστρο ήταν η νέα πρωτεύουσα του νησιού, στα βυζαντινά και μεσαιωνικά χρόνια. Η αρχαιολογική έρευνα πιστοποίησε ότι η θέση ήταν κατοικημένη στους προϊστορικούς χρόνους.
Από τους διάσπαρτους πύργους που υπάρχουν στο νησί (Άγ. Ιωάννης ο Θεολόγος στη Σημουσή) ο καλύτερα σωζόμενος είναι ο κυκλικός στην περιοχή Πύργος κοντά στη Χώρα και χρονολογείται τον 4ο π.Χ. αι.
Οι πύργοι αυτοί ήταν οχυρωματικές κατασκευές που προστάτευαν τους αγρότες από ξαφνικές πειρατικές επιδρομές και παράλληλα χρησίμευαν ως παρατηρητήρια και εξασφάλιζαν την επικοινωνία με την πρωτεύουσα.
Μικρή οχυρωματική ακρόπολη των αρχαϊκών και κλασικών χρόνων (6ος προς 5ος π.Χ. αι.), ήταν η θέση Κάστελας στη ΝΔ πλευρά της Κύθνου.
Τέλος μπορούμε να πούμε πως η Κύθνος παραμένει ακόμη ανεξερεύνητη, αφού η νότια πλευρά της δεν έχει ακόμη αρχαιολογικά ερευνηθεί, έστω και επιφανειακά.
Γιάννης Φιλιππαίος
(Θερμιώτικα Νέα, Ιούλιος Αύγουστος Σεπτέμβριος 1997, αρ. φύλλου 335, σελ. 3)
Οι χάρτες προέρχονται από το συνδεσμικό ημερολόγιο του έτους 2007 που επιμελήθηκαν ο Δημήτρης Στεφάνου Μαρτίνος και ο Νίκος Στεφάνου Μαρτίνος
Από το 2023 λειτουργεί το Αρχαιολογικό Μουσείο Κύθνου που στεγάζεται στο παλαιό Δημοτικό Σχολείο της Χώρας Κύθνου και παρουσιάζει ορισμένα από τα ευρήματα των ανασκαφών.